COFACTOR可以用于匹配同源结构、预测配体结合位点、GO分析、酶功能注释。首先读入输入的蛋白三维结构信息，接着前往BioLIP数据库中匹配相似的结构，最后以匹配最相似的结构为指导进行功能注释，包括所属生物学过程、细胞组分、分子功能、酶催化功能、配体分子结合位点。
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